EndNote, Zotero, Mendeley 哪个好？2026 科研文献管理软件横评

文献管理软件不仅是用来存 PDF 的，更是用来写论文插参考文献的。选错了软件，等到写毕业论文最后期限时，格式报错能让你崩溃。

以下是三大主流软件的深度画像。

1. EndNote：学术界的“老贵族”

• 身份： 由 Clarivate（拥有 Web of Science 的公司）开发。
• 核心优势：
• 行业标准： 它是历史最悠久、功能最强大的软件。几乎所有期刊都提供 EndNote 格式引文。
• 海量样式： 内置 7000+ 种期刊的引用格式（Output Styles），而且支持高度自定义修改。
• 抗压能力强： 当你的文献库达到 10,000 篇 以上时，只有 EndNote 依然流畅，其他软件可能会卡顿。
• WOS 联动： 与 Web of Science 无缝连接，去重功能极其强大。
• 致命槽点：
• 贵： 个人版约 1000-2000 元人民币（除非学校买了集体授权）。
• 丑： 界面停留在 Windows 98 时代，交互体验较差。
• 同步慢： 自带的云同步功能经常“抽风”。
• 适合谁？
• 要写长篇博士论文的人（几百篇参考文献，EndNote 最稳）。
• 所在实验室或导师强制要求使用 EndNote 的人。

2. Zotero：开源界的“瑞士军刀” (目前最推荐)

• 身份： 非营利组织开发的开源软件。
• 核心优势：
• 抓取神器： 它的浏览器插件 (Zotero Connector) 是全世界最好用的。在网页上点一下，文献、PDF、网页快照全下来了。
• 插件生态 (Plugins)： 这是 Zotero 的杀手锏。
• Jasminum (茉莉花)： 完美抓取知网、万方中文文献。
• Zotero PDF Translate： 直接在软件里划词翻译。
• Better BibTeX： LaTeX 用户的福音。
• 免费： 软件本身完全免费。
• 致命槽点：
• 云空间小： 官方只送 300MB 空间，存不了几个 PDF。
• 解决办法： 坚果云 (WebDAV)。这是中国学者的标配，通过配置 WebDAV，可以实现无限容量的免费同步。
• 适合谁？
• 绝大多数硕士/博士生。
• 喜欢折腾插件、追求高效率的科研人员。
• 需要同时管理英文和大量中文文献的人。

3. Mendeley：没落的“社交阅读器”

• 身份： 被出版巨头 Elsevier 收购。
• 核心优势：
• PDF 阅读体验好： 它内置的 PDF 阅读器和标注功能早期是最好的，支持多端（iPad/PC）同步阅读进度。
• 社交属性： 可以看到同行在读什么（但这个功能对写论文帮助不大）。
• 致命槽点：
• 封闭性： 被 Elsevier 收购后，数据导出变得困难（为了防止你迁移到 Zotero）。
• 加密： 新版 Mendeley 会对本地 PDF 数据库加密，导致第三方工具无法读取。
• 停止更新： 移动端 APP 已停止维护，功能逐渐被阉割，口碑在近年来断崖式下跌。
• 适合谁？
• 老用户（习惯了不愿意换）。
• 纯粹把它当成 PDF 阅读器，而不是参考文献管理工具的人。

终极对比表 (Decision Matrix)

总结：我该怎么选？

请对号入座：

1. 如果你是科研小白，刚开始读研：
• $\rightarrow$ 首选 Zotero。配合坚果云同步和翻译插件，体验极佳，能让你爱上读文献。
2. 如果你正在写 10 万字的学位论文，且引文格式极其变态：
• $\rightarrow$ 首选 EndNote。在处理超长文档和复杂格式时，它的稳定性是 Zotero 比不了的。
3. 如果你需要大量引用中文文献（知网）：
• $\rightarrow$ 必须 Zotero。EndNote 对知网的兼容性简直是灾难。
4. 如果你想从 Mendeley 转出来：
• $\rightarrow$ 趁早转到 Zotero，越晚越难搬家。

大多数人可以主力用 Zotero。如果学校强推 EndNote，可以在写大论文的最后阶段，把 Zotero 的文献导出为 RIS 格式，导入 EndNote 进行最后的格式化（虽然这有点折腾，但兼顾了日常的效率和最终的排版）。